Todo comenzó a mediados del año 1889, cuando un grupo de inmigrantes ingleses liderados por el periodista David N. Scott decidieron juntar a aficionados ingleses y escoceses para fundar un equipo de fútbol, el primer equipo del país, motivados en gran medida por la enorme cantidad de aficionados en Chile. Sin embargo, no fue hasta el 10 de abril de 1892 cuando el club se constituyó de manera oficial, una vez finalizada la Guerra Civil de 1891.

El partido jugado el 5 de agosto de 1893 en el Parque Cousiño en Santiago de Chile que enfrentó al Valparaíso Football Club y al Santiago Cricket and Athletic Club marcó un hito en la historia del fútbol chileno. Este encuentro fue muy iValparaiso Football Clubmportante porque fue el primer partido oficial de fútbol en Chile. El Santiago Cricket and Athletic Club vistió un uniforme compuesto por una camiseta con franjas azules y rojas y un pantaloncillo negro, mientras que el visitante jugó con su equipamiento tradicional compuesta por una camiseta blanca con una franja azul terciada y pantaloncillo azul. La victoria del partido fue para el equipo visitante con un marcador final de 7 a 2. La alineación del equipo Valparaíso Football Club estuvo formada por MacNoughton, Reinolds, Roberts, Bailey, Crangle, Baldwin, Woodgate, D. Scott, Fleming y Simpson, la autoría de los goles fueron para Scott que anotó 3 tantos, Fleming puntuó con otros 3 golazos y Simpson sumó otro gol más al marcador.

El 25 de noviembre de 1893 se celebró el primer partido internacional donde se enfrentaron una selección de Valparaíso, formada en su mayoría por jugadores del Valparaíso Football Club y a una delegación de Buenos Aires. El encuentro tuvo lugar en el Sporting de Viña del Mar con un marcador final de empate.

El Valparaíso Football Club también es conocido como Old Valparaíso.